Geeni täppismuutmine paljastas sadu rinnavähiga seotud mutatsioone ({{commentsTotal}})

Teadlased suutsid vaid pool aastat kestnud katsetega välja selgitada, millised mutatsioonid võivad viia rinnavähi tekkeni.
Teadlased suutsid vaid pool aastat kestnud katsetega välja selgitada, millised mutatsioonid võivad viia rinnavähi tekkeni. Autor/allikas: Anne Weston, LRI, CRUK/Wellcome Images/Creatice Commons

Rinnavähki haigestumise riskiga seotud geenis tuhandeid muudatusi teinud teadlased selgitasid välja, millised laialt levinud mutatsioonid põhjustavad rinnavähki ja milliste geenivariantide korral võivad naised kergemalt hingata.

Geeniteste pakkuvad ettevõtted suudavad määrata juba enam kui 15 000 geenis BRCA1 esineva muutusega seotud riski. Seejuures on aga neist suurimat, ligikaudu 17 000 mutatsiooni koondavat andmebaasi haldav ettevõte Myriad Genetics keeldunud jagamast oma teadustöö tulemusi laiema avalikkusega. Seisukohta ei muutnud isegi 2013. aastal langetatud kohtuotsus, mis kuulutas mitmetele geenivariantidele võetud patendid kehtetuks.

Ligipääsu piiramine vähendab omakorda teiste ettevõtete ja riikide pakutavate geenitestide täpsust. Seeläbi võivad mõned patsiendid oma tuleviku pärast tarbetult muretseda. Teistel võib jääda elu pikendav või päästev operatsioon tegemata. Teadaolevalt kasvatab mõni mutatsioon naiste rinnavähki haigestumise võimalust 72 protsendini.

Washingtoni Ülikooli teadlased eesotsas Jay Shendure'i ja Lea Stratitaga otsisid seega tuhandete tundmatute geenivariantide mõju välja selgitamiseks kiiremat võimalust. "Sisuliselt tegime loodud tehnikaga geenis BRCA1 iga võimaliku muutuse ja lahterdasime selle järgnenud katsete alusel haigust põhjustavaks või ohutuks. Info naistele edasi andmine võimaldab teha neil kindlamatel alustel seisvaid otsuseid," lootis Shendure.

Kokku suutsid nad määrata enam kui 2300 eelnevalt tundmatu mõjuga mutatsiooni ohtlikkuse. Tulemused on kõigile soovijatele kättesaadavad ka muud geeniinfot koondaval veebilehel ClinVar.

Võtmerolli mängis katses CRISPR-Cas9. Populaarsust koguv geenimuutmistehnika sarnaneb tekstitöötlusprogrammi lõika-ja-asenda funktsioonile. Tööriist on sedavõrd täpne, et võimaldab asendada geenikoodis isegi üksikuid tähti. Kokku suutis luua töörühm üksikuid tähte muutes umbes 5600 nukleotiidi pikkusest geenist 3893 varianti, teiste seas ka 169 eelnevalt kahjulikuks tunnistatud varianti. Muudatused tehti erilistes rakkudes, mis surevad nii pea, kui neis leiduv geen BRCA1 enam korralikult ei tööta. Katseteks kulus kokku vaid pool aastat.

Kasutatud lahenduse täpsuse hindamiseks võrdlesid Shendure ja Stratita tulemusi juba varem teada-tuntult kahjulike BRCA1 geenivariantidega. "Meile veidi üllatuslikult olid need klassikaliste mõju hindamiseks kasutatavate uuringute tulemustega heas kooskõlas," rõõmustas Shendure. Töörühma hinnang langes nende kokku peaaegu igal korral. Umbes 72 protsenti tehtud muutustest ei avaldanud mingit kahjulikku mõju. Ligi viiendik takistas aga DNA parandamist, mis kasvatab vähki haigestumise riski.

"Kavatseme kasutada lahendust järgmise paari aasta vältel ka teiste vähiga seotud geenide uurimiseks. Loodetavasti aitab see lõpuks luua põhjaliku andmebaasi, mille alusel geeniinfot tõlgendada ja viia sellega täppismeditsiini tavaliste inimesteni," lisas Shendure. Sellega paralleelselt plaanivad nad kontrollida teiste BRCA1-s esineda võivate mutatsioonide mõju. Praegu leitakse iga 100 patsiendi kohta vähem kui viie geenist muutus, mille mõju pole teadlastele teada.

ClinVari andmebaasi arendav ja BRCA geenidele spetsialiseeruv Harvardi Meditsiinikoolis töötav Heidi Rehm kutsus meditsiinitöötajad uut teadmust oma hinnangutes juba kasutama. Uurimuse autorid viitasid samas vajadusele leitud kahjulike variantide mõju täiendavalt proovile panna. Veel ebakindlatel alustel teadmist võib pidada aga siiski paremaks kui teadmise täielikku puudumist.

Uurimus ilmus ajakirjas Nature.



ERR kasutab oma veebilehtedel http küpsiseid. Kasutame küpsiseid, et meelde jätta kasutajate eelistused meie sisu lehitsemisel ning kohandada ERRi veebilehti kasutaja huvidele vastavaks. Kolmandad osapooled, nagu sotsiaalmeedia veebilehed, võivad samuti lisada küpsiseid kasutaja brauserisse, kui meie lehtedele on manustatud sisu otse sotsiaalmeediast. Kui jätkate ilma oma lehitsemise seadeid muutmata, tähendab see, et nõustute kõikide ERRi internetilehekülgede küpsiste seadetega.
Hea lugeja, näeme et kasutate vanemat brauseri versiooni või vähelevinud brauserit.

Parema ja terviklikuma kasutajakogemuse tagamiseks soovitame alla laadida uusim versioon mõnest meie toetatud brauserist: