Aaviksoo meenutas Vikerraadio saates "Reporteritund", et kui toimus tema juhtimisel kõrgharidusreform, siis sai kõrgharidus 40 miljonit eurot juurde ja kogu kõrghariduse rahastamine tõusis 150 miljoni euroni. Nüüd on aga kõrghariduse rahastamine neljandat aastat samal tasemel.

"Kui neli aastat on su enda elu paigas rahaliselt, aga elu su ümber kallineb kuus protsenti aastas, siis see tähendab, et nelja aastaga läheb sul rahaliselt ligi 25 protsenti kitsamaks. Praktikas tähendab see, et kui varem olid õppejõudude palgad 25 protsenti kõrgemad kui koolis, siis nüüd on need palgad võrdsed või noorematel õppejõududel isegi madalamad. See on tõsine probleem ja palju tõsisem kui teaduse probleem. Pikas perspektiivis on õppejõudude olukord kehvem kui teadlaste oma," sõnas Aaviksoo.

Rektori sõnul on teaduse rahastamine Eestis Euroopa keskmisest üle, kuid kõrghariduse rahastamine alla keskmise. Aaviksoo sõnul muutub üha tähtsamaks küsimus, mida me kõrghariduses teeme, aga veelgi enam, mida tegemata jätame.

"Meid mõjutavad ajaloolised põhjused, mis on seotud postsovetliku rahastamismudeliga - sa said raha, kui avasid uue eriala. Nii see kõik 1990-ndatel paisus ja ühel hetkel oli meil 49 kõrgkooli. Ja nüüd ei taha see purki tagasi minna. Kui haridusminister andis lubaduse, et hakkame ülikoolide vahel vastutusvaldkondi jagama, siis tulemus oli, et ei mingit kokkutõmbamist, vaid asi paisus kui lõõts. Ministeeriumil peaks olema selgroogu, et kui raha juurde ei tule, siis tuleb vastutusvaldkondi kokku tõmmata."

Aaviksoo kaitses tema enda ministriks oleku ajal sisse viidud tasuta kõrghariduse mudelit, kuid tunnistas, et tänane kõrghariduse krooniline rahapuudus on viinud selleni, et kaaluda tuleks mujal maailmas üha enam levivat praktikat, kus kõik tudengid sõltumata erialast ja ülikoolist maksaksid ka ise õpingute eest.

"Kunagine mudel (tasuta kõrghariduse eelne - toim), kus osa sai õppima rahata ja teised, kes ei saanud, said hiljem osta end raha eest sisse, ei olnud mõistlik. Selle juurde tagasi pöörduda ei saa. See oli sisuliselt raha eest madalamate akadeemiliste teadmistega diplomite ostmine. Nüüd oleks aga mõistlik arutada, kas kõik üliõpilased ei võiks midagi maksta sõltumata erialast ja ülikoolist. See oleks üliõpilaste oma panus. Seda teed on paljud riigid läinud ja debatt seisab ees Põhjamaades ning Eesti võiks selle protsessiga liituda. Tõsi, täna ma Mailisele (haridus- ja teadusminister Mailis Repsile - toim) ma selle ideega välja tulla ei soovita, sest siis tuleks tal hakata uut töökohta otsima."

Aaviksoo tunnistas, et teda häirib olukord, kus raha on hakatud haridus- ja teadusministeeriumi väliselt jagama teatud valdkondadele ja erialadele teiste ministeeriumite poolt. Näitena tõi ta selle, et justiitsministeerium hakkab täiendavalt rahastama juristide õpet.

"See on otsustamise praak, kui iga ministeerium hakkab ise tellima spetsialiste, sest näeb, et haridusministeeriumi kaudu ei saa," sõnas Aaviksoo ja leidis, et sellised vahendid tuleks koondada kõik haridus- ja teadusministeeriumi alla.

Mis puudutas valitsuse otsust lükata edasi teaduse rahastamise tõus ühe protsendini SKP-st, tunnistas Aaviksoo, et enim häiris teadlasi selle juures kokkuleppest taganemine.