Esimest korda Lõuna-Aafrikast leitud omikroni varianti ehk BA.1 saab proovides tuvastada juba praegu kasutuses olevate PCR-testidega. Variandi mutatsioonide tõttu pole võimalik leida laialt  kasutatava testiga ühte kolmest tavapäraselt kasutatavast sihtmärk-geenist – S-geeni. Kui teised kaks sihtmärki on aga seejuures endiselt olemas, ongi tegu omikroniga. Eripära võimaldas saada uue variandi levikule senisest kiiremini. Strateegiat soovitas kasutada teiste seas ka Maailma Terviseorganisatsioon, vahendab Financial Times.

Nüüd on Lõuna-Aafrikast, Austraaliast ja Kanadast järjestatud täielikult vähemalt seitse koroonaviiruse genoomi, kus on omikroni variant omakorda muteerunud. Kuna ka uue variandi S-geeni pole võimalik laialt kasutatavate PCR-testidega märgata, tuleb selle eristamiseks algsest omikronist järjestada viiruse genoom täielikult. 

Asjatundjate hoiatusel võib omikroni uus võsu ehk BA.2 kujuneda seetõttu omaette peavaluks. Enamikul arengumaadel puudub võime genoome massiliselt järjestada või on see kehval tasemel. Samas rõhutasid asjatundjad, et nakatumist kui sellist saab PCR-testiga uue variandi puhul endiselt tuvastada.

Briti Columbia Ülikooli arengubioloogi Sarah Otto sõnul oli omikroni variandi puhul S-geeni tabamatuks jäämine võrreldes varem nähtud variantidega väga oluline tunnus, sest aitas omikroni varajast levikut Lõuna-Aafrikas paremini hoomata. Uue variandi leviku kaardistamine on eriti oluline, sest see levib esialgsete andmete põhjal kiiremini kui delta variant. 

Baseli Ülikooli arengugeneetik Emma Hodcroft sõnas, et kuna BA.2 varianti ei saa S-geeni puudumise järgi tuvastada, võib ringelda maailmas arvatust palju enam omikroni variandiga viirust. Samas märkis ta, et omikroni praegu teada oleva levimuse põhjal ei pea ta BA.2 suurt varjatud levikut tõenäoliseks.

Oxfordi Ülikooli strukturaalbioloog David Stuarti sõnul on algse BA.1 omikroni ja uue BA.2 omikroni vahel palju erinevusi, mis tähendab, et kumbki variant võib levida omasoodu. Stuart rõhutas samas, et kohemaid ta muretsemiseks põhjust ei näe. Ehkki veel on äärmiselt vara midagi järeldada, ei näe ta põhjust, miks peaks uus haru algsest variandist veel ohtlikum olema. Stuart lisas, et hea genoomijärjestamise võimega riigid võivad suuta üsna hästi BA.2 levikut märgata.

Maailma terviseametnikud hoiatasid samas juba varem, kuidas riikide genoomijärjestamise kättesaadavus, kas siis oskusteabe, seadmete või mõlema puudumise tõttu, võib tulevikus uute variantide leviku jälgimise väga raskeks teha.

Gisaidi genoomiandmebaasi laetud enam kui viiest miljonist järjestatud Sars-Cov-2 genoomist pärineb üle 80 protsendi  Põhja-Ameerikast ja Euroopast.

Londoni Imperial College'i viraalgenoomika professor Paul Kellami sõnul ei aita uue haru muutused teadlastel kuidagigi jälgida uue omikroni variandi levikut piirkondades, mis suudavad tuvastada üksnes S-geeni olemasolu proovis. Samas sõltub tulevik tema sõnul BA.1 ja BA.2 edasisest levikust.

Gisaidi andmebaasi on laetud ühtekokku 840 BA.1 omikroni variandiga genoomi. Kuigi uut haru esineb vaid seitsmel üleslaetud proovil, osutab olukord Kellami sõnul aastaid jutuks olnud vajadusele luua odav, kohandatav ja tõhus täisgenoomide järjestamise moodus, mis oleks kättesaadav kõikjal maailmas.