Tehisaru ja sünteetiline bioloogia loovad üheskoos uusi antibiootikume
Hoolimata parasjagu käimas olevast antibiootikuminädalast leidub ikka veel suurel hulgal baktereid, kes ei pea antibiootilisi ravimeid mikski ja on nende suhtes resistentsed.
Saksa teadlased on nüüd võtnud uute ja paremate antibiootiliste ainete loomisel appi nii tehisaru kui ka sünteetilise bioloogia.
Tobias Erb Marburgis asuvast Max Plancki Maismaamikrobioloogia Instituudist ja ta kolleegid kirjutavad ajakirjas Nature Communications, kuidas on oma uue võttega välja töötanud mitu uut bioaktiivset peptiidi, mis toimivad tõhusalt terve hulga bakterite vastu.
Peptiidid on lühikesed aminohapete jadad; nagu valgud, ainult lühemad.
Tänapäeval on antibiootikumina kasutusel enam kui 80 bioaktiivsetel peptiididel põhinevat ravimit. Kõigi nende ravimite toimeained pärinevad loodusest. Kuid mittelooduslike bioaktiivsete ja võimalike antibiootiliste omadustega peptiidide arv võib olla veel palju suurem.
Erb ja ta kolleegid ongi loonud nüüd meetodi, kuidas neid tehislikke peptiide kiiresti leida ja katsetada. Tehisaru suudab suure andmehulga pealt uusi võimalikke peptiide juba päris hästi leida, aga nende läbikatsetamine on ikka veel olnud suur vaev ja valu.
Erbi ja ta kaaslaste välja töötatud meetodiga saab uuritavaid peptiide sünteesida ilma elusrakke appi võtmata, otse DNA-jupi pealt, ja seeläbi ka kiiremini ja odavamalt.
Saksa teadlased lasid generatiivsel süvaõppealgoritmil luua alustuseks tuhandeid antimikroobseid peptiide, seejärel prediktiivsel süvaõppealgoritmil valida neist välja 500 kõige lootustandvamat kandidaati.
Rakuvaba sünteesi järel tehtud katsetes jäi sõelale 30, mida teadlased veel põhjalikumalt uurisid. Selgus, et põhjalikumalt uuritud peptiididest ilmutas kuus tõhusat toimet mitmete muude ravimite suhtes resistentsuse saavutanud haigusttekitavate bakterite vastu.
Edaspidi soovivad teadlased oma meetodi kõiki etappe veel täiustada, et leida antibiootilisi peptiide, mis oleksid veel stabiilsemad, veel vähem toksilised ja võib-olla ka veel spetsiifilisema toimega.