Koroonaviirusel on Eestis tekkinud kaks uut mutatsiooni ({{contentCtrl.commentsTotal}})

{{1589255400000 | amCalendar}}
Foto: Pixabay

Eestis levinud SARS-CoV-2 koroonaviirustel on vähemalt kaheksa mujal maailmas esinevat mutatsiooni. Kahte leitud mutatsiooni on nähtud seni vaid Eestis, mis annab kohapeal levivatele viirustele ainulaadse sõrmejälje.

Kokku uuris töörühm pilootprojekti raames genoomi kuuel viirusel, mis leiti märtsis kogutud proovidest. "Kõik analüüsitud viirusetüved kuuluvad SARS-CoV-2 gruppi A2a, mille levik sai alguse tõenäoliselt Põhja-Itaaliast ja põhjustab praegu haigestumist peamiselt Euroopas," sõnas Tartu Ülikooli bioinformaatika spetsialist Aare Abroi.

Tartu Ülikooli meditsiinilise viroloogia vanemteadur Radko Avi märkis, et terve Eesti peale on uuritud valim veel väga väike. Põhjapanevamate järelduste tegemisega tuleb oodata. "Tegeleme praegu metoodika arendamisega, et luua taristu suviste tüvede järjestamiseks. Kui tahame epideemiat kontrolli alla saada, on uute juhtude puhul oluline kindlaks teha, kas need on välismaalt uuesti sisse toodud või tegu on jätkuvalt kohapeal leviva viirusega," laiendas vanemteadur.

Viiruste täisgenoomi järjestamise hinna üle on Avi sõnul veel vara spekuleerida, kuid see võib jääda 200–600 euro vahele. Testide hinnast moodustaks suurema osa praegused arenduskulud ja laborite sobivalt sisustamine. Samas tasuks vanemteaduri sõnul võtta kulutõhususe hindamisel arvestada viiruse leviku piiramiseks rakendatud meetmetega seonduva majanduskahjuga.

Viiruste eripära
Uue koroonaviiruse tüvedeks jagamine on tinglik. Viirustega tegelevate organisatsioonide jaoks peavad erinema enamasti nende bioloogilised omadused või nende tekitatava haiguse kliiniline pilt. Vastavaid uuringuid on tehtud veel vähe.

"Enamike mutatsioonide kohta ei oska me praegu öelda, mis on nende funktsionaalne mõju. Huvitavana põhjustavad enamus nähtud mutatsioonidest muutusi viiruse valkudes. Neil võib olla mingi funktsionaalne põhjus, mis on seotud ilmselt immuunsüsteemi vastusega," sõnas Radko Avi. Keskmiselt oli Eestist leitud viirustel 7–10 mutatsiooni.

Projektiga otseselt mitte seotud Tartu Ülikooli rakendusviroloogia professor Andres Merits nentis, et vaatluslike uuringute puhul võivad tõlgendused paratamatult lahku minna ja tarvis on täiendavaid katseid.

"Kuni katseliselt tõestatud tulemusi ei ole, kaldun pidama kõiki viiruse variante enam-vähem võrdväärseteks. Suured lood, et koroonaviirus on jagunenud kaheks või Indiast leitud mutatsioon paneb kahtluse alla vaktsiini, on osutunud väheoluliseks pinnavirvenduseks või üldse esialgseteks ja mitte paikapidavateks," viitas Merits.

Ravi seisukohalt võiks tulevikus erilist huvi pakkuda kahte tüüpi muutused. Neist esimesed on seotud RNA polümeraasi ehk ensüümiga, mis vastutab viiruse genoomi kopeerimise eest. Selle tootmise eest vastutavas geenis tekkivad mutatsioonid on olulised ravimresistentsuse seisukohalt. Paljud praegu arendusjärgus olevad ravimid üritavad takistada just viiruse pärilikkusaine kopeerimist.

Teist tüüpi muutused on seotud ogavalguga, mille abil koroonaviirus end rakkude külge haagib. Uute mutatsioonide toel võib suuta nakatada see uusi rakutüüpe. "Siingi on kindlasti vaja veel oodata funktsionaalsete katsete tulemusi. Eestist saadud mutatsioonide pealt üksi ei oskaks ma mingit järeldust selle kohta veel praegu teha," laiendas Avi.

Meritsa sõnul võib tehtud tähelepanekutest tõusta siiski otsest kasu. "On iseenesest huvitav, et meil on oma mutatsioonid. Võimalus, et see bioloogiliselt midagi tähendab, on kaduvväike. Kuid ikkagi on meie viirusel nüüd omad sõrmejäljed, mis võimaldab eristada Eestis ringelnud viirust viirusest, mida tuuakse meile sisse välismaalt, näiteks Soomest," sõnas professor.

Koroonaviiruste genoomseid järjestusi määrasid ja analüüsisid lisaks Radko Avile ja Aare Abroile Tartu Ülikooli meditsiinilise viroloogia teadur Taavi Päll. Sekveneerimisega toetasid neid genoomika instituudi sekveneerimislabori juhataja Tuuli Reisberg ja evolutsioonilise genoomika juhtivteadur Mait Metspalu ning arvutiteaduse instituudi teaduslik programmeerija Ulvi Gerst Talas. Anonüümset proovimaterjali jagas teadlastega SYNLAB ja uuringut rahastas Tartu Ülikool.

Saadud algjärjestused on plaanis teha kättesaadavaks ka kõigile teistele teadlastele.

Toimetaja: Mait Ots

Hea lugeja, näeme et kasutate vanemat brauseri versiooni või vähelevinud brauserit.

Parema ja terviklikuma kasutajakogemuse tagamiseks soovitame alla laadida uusim versioon mõnest meie toetatud brauserist: