Genoomid osutavad: sügisese koroonalaine taga on välismaalt pärit viirused ({{contentCtrl.commentsTotal}})

Eestis kevadel levinud viirusevariandid on tõenäoliselt kadunud.
Eestis kevadel levinud viirusevariandid on tõenäoliselt kadunud. Autor/allikas: JESHOOTS.COM/Unsplash

Eesti levib praegu sedavõrd palju erinevaid SARS-Cov-2 variante, et nende genotüübiline mitmekesisus on võrreldav terve Euroopa omaga. Uut koroonaviirust toodi talve lähenedes Eestisse sisse mitmetel kordadel ja erinevatest lähtekohtadest, nähtub värskest analüüsist.

Viiruse 250 genoomi järjestamisel saadud tulemused viitavad, et kevadel levinud viirusevariandid on ilmselt Eestist kadunud. "Kevadised puhangud saadi suhteliselt hästi kontrolli alla ja Eestis on tõenäoliselt tegu viiruse teise lainega. Sügisesed kolded on põhjustatud uutest sissetoodud viirustest," selgitas Radko Avi, Tartu Ülikooli meditsiinilise viroloogia vanemteadur ja KoroGeno projekti üks eestvedajatest leidu tutvustaval pressikonverentsil.

Tulemusteni jõudmiseks võeti appi molekulaarne epidemioloogia. Sarnaselt teistele viirustele muutub uus koroonaviirus aeglaselt, kuid järjekindlalt. Kuu kohta tekib sellel keskmiselt kaks uut mutatsiooni.

Nõnda saab eri mutatsioonidega viirusevariantide osakaalu põhjal välja selgitada, millised neist on olnud aja jooksul edukamad. Samuti saab põhjalikuma analüüsiga välja selgitada, kuidas on need levinud üle terve maailma. Kuna Eestis kevadel ringelnud variandid on sisuliselt kadunud, saabki väita, et teise laine taga on välismaalt sisse toodud viirused.

Suurem osa, ligikaudu 77 protsenti järjestatud genoomiga viirustest kuulub ühte kolmest enim levinud genotüübist. Neile lisaks leidub aga veel terve hulk neist eristatavaid SARS-Cov-2 viirusi. "See genotüüpide jaotus on võrreldav kui mitte just maailma, siis Euroopa genotüüpide mitmekesisuse või jaotusega," lisas Avi. Keskmiselt erinevad need üksteisest 20–30 nukleotiidi võrra.

Vanemteadur nentis, et uuring ei anna Eesti kohta täiuslikku ülevaadet. Selleks oleks muuta uuringut esinduslikumaks. Praegu uuritud 250 genoomist valiti osad välja juhuslikult, teised sekveneeriti jooksvalt uute positiivsete koroonaproovide lisandumisel. "Mingist hetkest tuli uusi nakkusi peale sedavõrd palju, et me ei suutnud kõiki genoome sekveneerida, nii et töötlesime terviseametile nakkuskollete seisukohalt sügavamat huvi pakkuvaid proove," selgitas Radko Avi ERR Novaatorile.

Viimases peitub üks molekulaarse epidemioloogia praktilisi väljundeid. Juhuslikus Eesti paigas tekkinud kolde puhul on võimalik kontrollida, kas see on seotud juba mõne varasema puhanguga või levib viirus Eestis ka varjatult. Näiteks tekkis terviseametil küsimus, kust oli pärit Jõgeva kolde tekitanud viirus. Analüüsil leiti seos ühe Tallinna viirusega, mistõttu Jõgevamaal varjatud levikut siiski ilmselt polnud.

Teise näitena tõi Avi välja seose Ukrainast tulnud liinibussi ja Nõos tekkinud kolde vahel. "Kolde analüüsil sai põhimõtteliselt öelda, et molekulaarselt on need kaks kollet üks kolle, kuigi klassikaliste epidemioloogiliste meetoditega oleks olnud need kaks kollet," selgitas vanemteadur.

Tulemuste põhjal hakkasid otsima koroonadetektiivid kahe kolde vahelist ühenduslüli ja sellega kokku puutunud inimesi. Samas nentis ta, et vähemalt praegu on taoline analüüs veel aeganõudev ja võtab kuni kaks nädalat.

Radko Avi kinnitas, et pärast koroonaviiruse laiemat levikut Tallinnas on kasvanud ka võimalus selle jõudmiseks Eesti teistesse osadesse. "Inimeste liikumine väljendub ka viiruse levikuteedes. Kui mõnes maakonnas või linnas tekib välise juhu tõttu klaster, on see kõige tõenäolisemalt pärit Tallinnast," tõdes vanemteadur.

Radko Avi esitleb oma teadlasrühma tulemusi Tartus toimuval koroonakonverentsil.

Hea lugeja, näeme et kasutate vanemat brauseri versiooni või vähelevinud brauserit.

Parema ja terviklikuma kasutajakogemuse tagamiseks soovitame alla laadida uusim versioon mõnest meie toetatud brauserist: