Kolleegid ja ajakirjanikud on paljud alljärgnevad teemad ükshaaval küll ajakirjanduses läbi valgustanud, kuid nendest kildudest kokku pandud suurest pildist tehtavad rakenduslikud järeldused on harva selgelt välja toodud. Ennekõike on kirjatükk suunatud neile, kes tahavad oma väikese panusega viiruse ohjamisel võimaldada lastel koolis käia ja hoida ühiskonda avatuna, kuid sooviksid teada rohkem taustainfot.

Pikem selgitus, miks selliseid järeldusi saab teha, on allpool, kuid olulised meeldetuletused ja järeldused olgu neile, kel kogu loo jaoks aega pole, siinkohal toodud:

1.    Nakatumise kasv ei ole sama paratamatu, kui päevale järgnev öö ning ööle järgnev päev. Nakkuse levik sõltub ennekõike meie kõigi käitumisest. Ka iga väike okas viiruse vastu loeb.

2.    Viirusvalgud ja viiruse nukleiinhape ehk genoom peavad täitma viiruse paljunemiseks vajalikke funktsioone, see seab viiruse omaduste muutumisele omad piirid.

3.    Viirus muteerub, kuid tema mutatsioonid – tema meeskond – on juba teada. Me näeme tuntud mutatsioone uutes kombinatsioonides. Mida aeg edasi, seda keerulisem on viirusel oma levikut tõhustada. Viirus muutub edasi, kuid tema omadused ei muutu edaspidi ilmselt nii kiiresti.

4.    Vaktsiin ei ole nagu peletava lõhnaga sääsetõrje – paned peale ja kohe töötab. Vaktsiin aitab immuunsüsteemil end ette valmistada kaitseks SARS-CoV-2 nakkuse vastu. Kuniks täiskaitse pole saavutatud (enamasti kaks nädalat pärast viimast süsti), seniks on mõistlik käituda nagu mittevaktsineeritu (vähemalt delta tüve ajastul).

5.    Vaktsiinid on hospitaliseerimise ja raske haigestumise vastu töötanud seni kõikide SARS-CoV-2 tüvede korral. On väga vähetõenäone, et nad ei tööta uute viirustüvede korral.

6.    Sellel suvel ja sügisel leviva viirustüve ehk delta tüve korral toodab "keskmine" nakatunud organism vähemalt kolmkümmend korda rohkem viirust kui aasta tagasi ja halvimal juhul lausa sada korda rohkem. Samas on ka nakatumisvõimeliste viiruste osakaal kogu viirusosakeste seas suurem. Aastatagusega võrreldes saame kokkupuutes viirusega samades oludes keskmiselt ~50 korda suurema annuse nakatumisvõimelist viirust ning see on pigem tagasihoidlik hinnang.

7.    Delta tüvi on organismi sattudes ehk nakkuse alguses kiirem kui Wuhani ja alfa (inglise) tüvi. Keskmine aeg nakkusahelas ühest nakkusest teiseni on umbes neli päeva, mis on umbes kaks päeva lühem kui Wuhani tüvel. Ja juba kaks päeva pärast nakkuse saamist on kümnel protsendil nakatunutest viiruse PCR test positiivne. Sümptomite tekkest positiivse viirustestini tulemuste teadasaamiseni läheb ka pisut aega. Ehk võib juhtuda nii, et kui te nakatate kedagi, siis too jõuab juba nakkuse edasi anda enne, kui teie oma positiivse tulemuse teada saate. Kui olete lähikontaktne või lähikontaktse kontaktne, siis viige igaks juhuks füüsilised kontaktid teistega miinimumini. Samuti pole ka sümptomaatiline kandlus koos teiste nakatamisega delta tüve korral kuhugi kadunud.

8.    Värskendage oma teadmisi kriis.ee ja teistelt lehekülgedelt. Aasta tagasi loetu ei pruugi teid nüüd enam aidata, sest viiruse omadused on muutunud.

9.    Ainult üks meede ei ole kunagi piisav. Endiselt tuleb rakendada mitmeid erinevaid meetmeid, et lõpptulemus oleks efektiivne. Juba eelmisel kevadel ringles augulise juustu näide: kui meil on paar viilu, siis ikka satuvad mõned augud kohakuti. Mida rohkem on viile, seda suurem on tõenäosus, et augud (kaitses viiruse vastu) kohakuti ei satu.

10. Kiireim tee ühiskonna sulgemiseni on see, kui nakatunud oma nakkuse ja kontaktid maha salgavad ja muidu karantiinireegleid rikuvad.

POOLIK vaktsineerimiskuur kaitseb väga vähe nakatumise eest

Eestis on umbes 50 000 inimest, kelle vaktsineerimiskuur on pooleli. Nad on saanud kätte esimese doosi vaktsiini ja mõne aja pärast on saamas teist. Kuid vaktsiin ei ole nagu peletava lõhnaga sääsetõrje – paned peale ja kohe töötab. Vaktsiini lõplik kaitse saavutatakse kaks nädalat pärast viimase süsti (enamasti tähendab see teist süsti) saamist. Sinnani on soovitus käituda kui mittevaktsineeritu.

Teatud kaitse raske haigestumise, hospitaliseerimise või surma vastu saate te ilmselt teisel-kolmandal nädalal pärast esimest süsti, kuid pärast esimest süsti on kaitse delta tüvega sümptomaatilise nakatumise vastu üsna väike, umbes 35 protsenti. Asümptomaatilise kandluse vastu on see ilmselt pisut veel väiksem.

Ehk kui samades tingimustes on ühepalju vaktsineerimata ja ühe doosiga vaktsineeritud inimesi, siis kolme vaktsineerimata kohta saab nakkuse kaks ühe doosiga vaktsineeritut. Olgu aga kohe lisatud, et vaktsineerimiskuuri lõpetanu ja vaktsineerimata nakatunu edasine saatus on sarnastel tingimustel märgatavalt erinev. Seega praktikas oleks soovitatav poolelioleva vaktsineerimiskuuri jooksul käituda kui mittevaktsineeritu.

Viirused ja mutatsioonid - kas lõputu õudus?

Varasemad uuringud vaktsiinide efektiivsuse kohta raporteerisid meile pisut ilusamaid arve ehk kaitset pärast ühte doosi ~55 protsendi ja ~70 protsendi vahele, mis on selgelt suurem delta tüve ~35 protsendist. Miks see nii on?

Põhjus on viiruse muutlikkus ehk uute viirusvariantide teke. Viiruse muutlikkuses ei ole midagi uut ega lootusetut. RNA-viiruste korral, mille hulka kuulub ka SARS-CoV-2, võib lausa öelda, et muutlikkus on viiruste olemise viis.

Viiruse nukleiinhappe ehk genoomi kopeerimisel/paljundamisel (seda nimetatakse ka viiruse nukleiinhappe replikatsiooniks) tekib vigu. Viirus saab uue mutatsiooni. Sõltuvalt sellest, kuhu see mutatsioon genoomis tekib, võib tema mõju olla kahjulik, neutraalne või kasulik, kui kõige lihtsamat lahterdamist kasutada. Kusjuures mutatsiooni omadus (kahjulik/kasulik) pole siin absoluutne, vaid võib sõltuda oludest.

Teoreetiliselt on viiruse pea 30 000 nukleotiidi pikkuses genoomis tekkivate mutatsioonide ja nende kombinatsioonide arv väga suur, kuid siiski lõplik. Praktikas aga kahjulike mutatsioonidega viirus ei kipu eriti levima. Olulised piirangud seab ka see, et nii viirusgenoom ise kui ka viirusgenoomi poolt kodeeritud valgud peavad suutma täita viiruse paljunemiseks olulisi funktsioone ning seetõttu on levimisvõimeliste mutatsioonide arv oluliselt väiksem.

Nagu teooria ütleb ja viimase aja praktika kinnitab – viiruse jaoks kasulike mutatsioonidega variandid tõrjuvad teised (ka neutraalsete mutatsioonidega variandid) välja. Üleilmsed ja ka Eesti koroonaviiruse genoomiuuringute ehk sekveneerimise andmed näitavad, et viimase umbes poole aasta jooksul on tekkinud olukord, kus enamik uutes viirustüvedes leitud olulistest mutatsioonidest on olnud teadlastele juba varem tuntud.

See näitab, et enamik viirusele kasulikke üksikuid mutatsioone on meile juba teada ning suuri üllatusi ei tohiks enam tulla. Jalgpallist võrdlust tuues – meeskonna mängijate nimekiri on üles antud ning üksikute mängijate oskused laias laastus teada.

Teada ei ole kahjuks see, kui hästi või halvasti nad kokku mängivad (ehk kuidas toimivad kombinatsioonid) ning võib juhtuda, et muidu kaks tagasihoidlikku mängumeest koos annavad mängule uue kvaliteedi. Tõsi küll, viirustel on aeg-ajalt kombeks tõmmata varrukast viies äss või saata platsile üles andmata mängija, kuid salajane pink peaks olema SARS-CoV-2-l tänaseks päevaks juba üsna lühike.

Võtame kasvõi ajakirjandusest läbi käinud lambda (ehk C.37) tüve näite. Viiruse selle tüve ogavalgus on mutatsioonid, mida nimetatakse L452Q ja F490S. Mutatsioone on teisigi, kuid neid peetakse kõige olulisemateks ning need mutatsioonid on antikehalise vastuse eest pagemise peasüüdlased. Teisisõnu, nende mutatsioonide tagajärjel seonduvad paljud antikehad ogavalgule kehvemini.

Ükshaaval on neid mõlemat mutatsiooni nähtud Eestis juba vastavalt 2021. aasta märtsi alguses ja aprilli alguses. Eesti SARS-CoV-2 sekveneerijad loomulikult kohe ka hoiatasid Terviseametit, et nende nakatunute kontakte tuleks eriti hoolega taga ajada ja isoleerida. Nii käis (ja käib) see kõigi mutatsioonidega, mida osati (osatakse) ohtlikuks pidada. Mis iganes põhjusel, kuid laia levikut need mutatsioonid üks ilma teiseta (üksikuna) Eestis ei saavutanud.

Ka vahepeal Lõuna-Aafrika Vabariigis ärevust tekitanud tüves C.1.2 on väga palju varasemast ja teistest tüvedest tuntud mutatsioone – näiteks N501Y, E484K, kuid sellele vaatamata ei suutnud ka see tüvi Lõuna-Aafrikas delta tüvega konkureerida.

Arvutisimulatsioon SARS-CoV-2 koroonaviiruse struktuurist: sinakas-roheline on ogavalk, punast nimetatakse E valguks ja kollast M valguks. Janet Iwasa/Utah' Ülikool

Uued tüvede oht võib kaduda sama kiiresti kui see tekkis

Kui juba tüvi C.1.2 jutuks tuli, siis olgu siinkohal veel üks asi ära klaaritud. Hiljuti raporteeriti, et selle tüve osakaal oli mitmes LAV-i piirkonnas tõusuteel ja et sellel tüvel on eriti suur muteerumise kiirus. Andmete lähemal vaatlemisel selgub siiski, et suur kiirus käis tüve tekkimise kohta, mitte tüve edasise muutumise kohta. Fenomen, et mõned tüved ilmuvad ei tea kuskohast ehk uue tüve tekkekiirus on suur, on paljude seni kirjeldatud SARS-CoV-2 tüvede ühine omadus ja eriti reljeefselt tuli see välja alfa ehk inglise tüve korral. Piltlikult väljendades on stardikiirendus suur, kuid edasine kiirus nagu teistel.

Võib-olla on see allakirjutanu kallutatud lugemus Eesti ajalehtede osas, kuid tundub, et ohtude äralangemisest on juttu hoopis harvem kui ohtude tekkimisest. Näiteks ei suuda lambda tüvi teadaolevalt deltaga konkureerida isegi mitte Peruus, vähemalt avalike andmete põhjal. LAV-is ei konkureeri C.1.2 tüvi deltaga ega muutu kiiremini - vähemalt esitatud andmetest ei ole seda võimalik välja lugeda. Need on näited vaid viimase aja potentsiaalsetest ohtudest.

Kuigi viirus muteerub endiselt kogu aeg edasi, siis viiruse vaatenurgast uute ja heade omaduste tekkimine peaks edaspidi oluliselt aeglustuma. Võrdluseks ka pikaajaline kiire majanduskasv pole võimalik. Mida aeg edasi, seda keerulisem on viirusel oma levikut tõhustada.

Kui kaugel me selles protsessis oleme, on hetkel veel keeruline öelda, kuid esimesed olulised märgid näitavad, et aeglustumine peaks olema lähedal või juba käes, vähemalt selles osas, mis puudutab viiruse rakkudesse sisenemist ehk nakatamisvõimet. Nii et tegelik olukord viiruse muteerumise rindel on hetkel ilusam, kui ta ainult pealkirjadest välja paistab.

Vaktsiinide tõhusus – kuidas neid numbreid mõista?

Viirus muutub ja sellega koos muutuvad pisut ka viiruse omadused, sealhulgas immunoloogilised omadused. Mida sellised muutused vaktsineerimise seisukohast kaasa toovad?

Kui enne inglise tüve tekkimist oli kaitse sümptomaatiline kandluse eest pärast esimest doosi erinevatel andmetel ~55 protsendi ja ~70 protsendi vahel, siis inglise ehk alfa tüvel on see 50 protsenti ning india ehk delta tüvel ~35 protsenti (Eestis kasutatud vaktsiinide korral). Olgu selgituseks öeldud, et kui ei ole midagi muud täpsustatud, siis on selles artiklis jutt Eestis enim kasutatud ehk Pfizeri vaktsiini täisvaktsineeritute kaitsest.

Väga tihti ei ole lahti seletatud, millest esitatud protsent ikka rehkendatud on ehk mida need protsendid tähendavad. Vaktsiini efektiivsuse korral näitab see kaitset protsentides võrreldes mittevaktsineerituga, mitte üldist tõenäosust nakatuda. Kui meil on näiteks 2000 vaktsineeritut ja 2000 vaktsineerimata inimest ning vaktsineeritutest nakatub 20 inimest ja mittevaktsineeritutest 200, siis on kaitse 90 protsenti.

Seda võib esitada ka kujul, et vaktsineeritutel on kümme korda väiksem tõenäosus nakkus saada. Näiteks inglise ehk alfa tüve korral (nagu ülal toodud), kui meil on samades tingimustes võrdne arv vaktsineerimata ja ühe doosiga vaktsineerituid, siis iga kahe vaktsineerimata nakatunu kohta nakatub keskmiselt üks pooliku vaktsineerimisega inimene, ehk tegemist on kahekordse kaitsega.

Korrektsetes töödes kaalutakse neid protsente ka vanuserühmade, aja ja muude parameetrite lõikes, sest (sümptomaatiliste) nakatumiste tõenäosus on eri vanusegruppides erinev ning vaktsineeritus on eri vanusegruppides erinev. Kui vaktsineeritud on valdavalt vanemad vanuserühmad ja nakatuvad noored inimesed, siis ilma vanuserühmade kaupa kaalumata saame me eksliku info vaktsiinide efektiivsuse kohta.

Neutraliseerivad antikehad ja viiruse mutandid

Väga tihti hinnatakse vaktsiinide efektiivsust viiruse mutantide korral neutraliseerivate antikehade tiitri abil. Neutraliseerivateks antikehadeks nimetatakse neid antikehasid, mis seonduvad viirusosakese külge ja takistavad viirusel meie rakkudesse sisenemast ning antikehade tiiter näitab, kui palju selliseid antikehi inimesel on tekkinud.

Neutraliseerivad antikehad toimivad meie oma rakkudes toodetud viiruste edasilevimise takistamisel ning võivad toimida ka esmase nakkuse ärahoidmisel. Vaktsiinide toimel ja ka nakkuse tagajärjel tekkinud neutraliseerivate antikehade tiiter on delta vastu kehvem kui algse Wuhani tüve vastu. Erinevate teadusartiklite andmetel kaks kuni kaheksa korda, kuid alati ei ole toodud arvud otseselt võrreldavad, sest kasutatavad referentsid ehk võrdluseks kasutatavad viiruse variandid on erinevad. Lisaks sellele on kasutatavad metoodikad pisut erinevad.

Enamasti raporteerib ajakirjandus, et ühel või teisel tüvel oli tiiter mingi arv korda kehvem kui mingil varasemal variandil. Lugeja peab enamasti ise oma mälusopist välja otsima selle teadmise, et kuigi neutraliseerivate antikehade tiiter on langenud, ei tähenda see veel, et vaktsiini efektiivsus on sama palju kordi langenud.

Reaalse elu andmed näitavad, et vaatamata antikehade tiitri langusele vaktsiinid töötavad erinevate tüvede vastu endiselt. Tõsi küll, efektiivsus on pisut muutunud (nagu ka allpool jutuks tuleb), kuid vaktsiin töötab, eriti veel raske haigestumise ja surma ärahoidmisel. Seda on näidatud SARS-CoV-2 korral ammu, juba umbes aprillis-mais, kuid tihti ajakirjandus unustab seda märkida, kui jälle uutest tüvedest ja nende immunoloogilistest omadustest räägib.

Miks siis antikehade tiitri langus viirusevastases kaitses olulist muutust ei põhjusta? Põhjus on lihtne – viiruse neutraliseerimine antikehadega on ainult üks komponent kogu immuunvastusest. Sellest on ka Eesti ajakirjanduses kirjutanud kolleegid Pärt Peterson, Kai Kisand ja teised. Säärane erinevus tuleneb immuunsüsteemi teiste komponentide tööst –  rakulisest immuunvastusest ja sellest, et antikeha, mis ei neutraliseeri viirust, siiski märgistab viirusosakese immuunsüsteemi jaoks ja see osake likvideeritakse.

Mitmetes kohtades tehtud uuringud näitavad, et muude parameetrite sarnasuse korral on vaktsineeritul 10 kuni 20 korda väiksem tõenäosus raskeks haigestumiseks ja hospitaliseerimiseks ehk ~90–95 protsendine kaitse. Seda võrreldes vaktsineerimata inimestega ja eeldades muude parameetrite võrdsust, sealhulgas ka nakkusohtlikes kohtades veedetud aega ehk riskikäitumist ja nii edasi.

Enamasti neid uuringuid, mis saavad samasugused tulemused kui "Harju keskmine", ajakirjandus ei raporteeri. Seega võib mõnikord jääda mulje, et saadaksegi ainult vastukäivaid äärmuslikke tulemusi.

Kui kusagil maailma otsas tekib ohtlikuks peetav mutatsioon, siis juba hiljemalt paari nädala pärast suudavad kiiremad laborid mõõta, kui hästi nende käsutuses olevates vereproovides sisalduvad antikehad uut tüve neutraliseerivad. Selleks ajaks, kui viirus peaks kohale jõudma, on esmane hinnang selle kohta, kui hästi ta immuunsüsteemi eest pageb, juba teada.

Võrrelgem võrreldavaid – millised on vaktsiinide tõhusus meiega sarnaste riikides?

SARS-CoV-2 nakkuse nagu ka paljude teiste viirusnakkuste saamine sõltub väga paljudest asjaoludest. Näiteks loevad rahvastiku üldine immunoloogiline tervis, iga isiku immuunsüsteemi ettevalmistatus konkreetse viiruse vastu (kas ta on sama viirust või mõnd tema sugulast varem läbi põdenud; meie iga-aastased harilikud koroonaviirused on justnimelt rakulist immuunvastust SARS-CoV-2 vastu ette valmistanud), inimeste elu-olu ja käitumine ja nii edasi.

Kui kohtuvad kaks inimest, kellest üks on nakatunud, siis nakkuse ülekandumise tõenäosus on üksjagu erinev, kui tervitamine käib kahe meetri kauguselt sügavalt kummardades või hoogsa kallistamise ja põsemusiga. Seega kui meil on soov teada saada, milline on vaktsineerimisega saadud kaitse efektiivsus Eestis, tuleks kasutada kas Eesti andmeid või meiega sarnastes klimaatilistes ja elukondlikes oludes riikide andmeid.  

Vaadates Eestile kõige sarnasemate riikide andmeid näeme, et vaktsiin kaitseb hospitaliseerimise ja raske haigestumise eest teaduskirjanduse põhjal umbes 20 korda rohkem võrreldes vaktsineerimata inimestega ehk kaitse on ~95 protsenti. Üsna mitu uurimust andsid väga sarnase tulemuse – Inglismaa, Taani, aga ka New Yorgi osariik.

Aja jooksul pärast vaktsineerimist langeb neutraliseerivate antikehade tase ning suureneb tõenäosus nakkus saada. See väljendub ka vaktsiini kaitse mõningases vähenemises. Siiski on kaitse hospitaliseerimise vastu ka pärast 20 nädala möödumist vaktsineerimisest 93 protsenti. Sealhulgas 65+ vanuserühma on see ~90 protsenti ehk vähemalt kümme korda tugevam võrreldes mittevaktsineeritutega, näitavad Inglismaa andmed.

Kaitse sümptomaatilise nakkuse vastu on umbes 85 protsenti (mitme uurimuse keskmine ikka meiega sarnastest oludest – Inglismaa, Šoti, Kanada) ehk umbes seitse korda enam võrreldes mittevaktsineerituga. Aja jooksul kaitse sümptomaatilise nakkuse vastu väheneb rohkem kui hospitaliseerimise korral, olles 20 nädalat pärast vaktsineerimist ~70 protsenti (Inglismaa). Kindlasti on siin oma osa immuunsüsteemi "tagasitõmbumisel", kuid mingi osa sellest võib tulla vaktsineeritud ja vaktsineerimata inimeste erinevast riskikäitumisest nakkusohu suhtes.

Pikka aega ei olnud andmeid vaktsineerimise mõjust asümptomaatilisele nakkusele. Nüüd lõpuks on ka need meie laiuskraadide kohta ilmunud Inglismaa, Taani ja Šotimaa näitel. Uudised on head, vaktsineerimiskuuri lõpetanutel on see 75 kuni 80 protsenti ehk sarnastes oludes saab iga nelja kuni viie mittevaktsineeritu kohta nakkuse vaid üks vaktsineeritu (Šotimaa, Inglismaa, Taani, aga ka New York).

Viimases Eesti seireuuringus hinnati vastavaks protsendiks Eestis ~66 protsenti, kuid kuna kokku oli vaid 19 nakatunut, siis on vastava hinnangu veapiir üsna lai. Olgu siinkohal mainitud, et nagu paljude teiste valdkondade esindajatel, nii ka teadlastel, lööb aeg-ajalt välja erialane kretinism. Teadlaste korral väljendub see näiteks selles, et ei taheta teada mitte ainult mingit arvu, vaid ka seda, kuidas vastav arv on saadud. Seetõttu ei kiputa eriti kommenteerima arve, mille kohta pole teada kuidas nad saadud on.

Augusti lõpus oleks saanud olukorra lühidalt ja lihtsustatult kokku võtta järgnevalt: keskmiselt kaitseb vaktsiin delta tüve korral ~95 protsenti raske haiguse vastu, ~85 protsenti sümptomaatilise nakkuse vastu ja ~75 protsenti asümptomaatilise nakkuse vastu. Nagu ikka, noori kaitseb see pisut rohkem ja eakaid pisut vähem.

Nüüd on selge, et aja jooksul kaitse pisut langeb, kuid alates paarist kuust edasi on langus juba üsna aeglane. Seniste andmete põhjal võiks ennustada, et kaitse sümptomaatilise nakkuse korral jääb 60 ja 70 prostsendi vahele. Samal ajal pole mulle silma hakanud ükski artikkel ega raport, kus meiega sarnastes kliimaoludes oleks Pfizeri vaktsiini efektiivsus delta tüve vastu olnud raske haiguse ja hospitaliseerimise vastu alla 90 protsendi, seda isegi pool aastat pärast vaktsineerimist ja eakates vanusegruppides.

Loodusseadustest tulenevalt on alust arvata, et iga kord, kui vaktsineeritud organism kohtub viirusega (ka väikeses koguses või inaktiveerunud viirusega), siis turgutatakse ka vastav immuunvastus uuesti üles. Arvestades, et Eesti eri piirkondades on oktoobri alguses iga 50 kuni 200 elaniku kohta üks nakatunu, võib viirusega väga kergesti kokku puutuda. Loodame, et järgmine seireuuring annab ka vastuse küsimusele, kui paljud vaktsineeritud on enese teadmata viirusnakkuse läbi põdenud.

Vaktsineerimise mõjust kandlusele ja nakatamisvõimele on teada veel nii palju, et delta tüve korral on sümptomite avaldumisel keskmine viiruskoormus ehk see kui palju viirust organismis toodetakse vaktsineeritutel ja mittevaktsineeritutel enam-vähem ühesugune (mõõdetuna viirusgenoomide hulgana). Samas juba seitse päeva pärast on vaktsineeritute viiruskoormus umbes kümme korda madalam.

Lisaks sellele on vaktsineeritutes infektsiooniliste viiruste osakaal väiksem, ilmselt just viirusosakestele seondunud neutraliseerivate antikehade tõttu. Kuna enamasti kasutatakse organismist väljuva viiruse infektsioonilisuse mõõtmiseks poolkvantitatiivseid meetodeid, siis on raske anda täpseid kvantitatiivseid hinnanguid, kui palju on infektsiooniliste viiruste osakaal langenud.

Kaude tõestab seda uurimistöö, kus näidati, et vaktsineerimata indeks-juhtumi korral on tema lähikontaktsete PCR testi positiivsuse tõenäosus vaadeldud ajavahemikul ~67 protsenti ning Pfizeri vaktsiiniga täisvaktsineeritul indeks-juhtumi korral on vastav näitaja umbes kümne protsendipunkti võrra madalam (~57 protsenti) isegi kolm kuud peale vaktsineerimiskuuri lõppu. See kehtib delta tüve korral. Alfa tüve korral on (oli) erinevus lausa üle 20 protsendipunkti.

Aja jooksul immuunsuse vähenemine ükskõik kas peale läbipõdemist või immuniseerimist ei ole midagi uut ja enneolematut, see on paljude patogeenide korral nii. Piltlikult öeldes ei mahuks muidu kõik antikehad verre ära. Immuunsüsteemi mälurakud (nii antikehi tootvad mälurakud kui rakulise immuunvastuse mälurakud) jäävad ikkagi endiselt alles ning järgmise nakatumise korral mobiliseeritakse kaitse juba kiiremini.

Viirusele sülle joosta ei maksa

Kõik eelpool toodud arvud olid vaadeldud inimhulkade keskmised ning igaüks võib oma immuunsüsteemi eest hoolt kandes olla keskmisest veel paremini kaitstud. Klassikalised soovitused on siinkohal mõõdukas kehaline aktiivsus värskes õus, tervislik toitumine ja vähem stressi. Olgu viimasega kuidas on, kahte esimest saame me ise väga selgelt mõjutada.

Nagu eelpool toodust näha, vaktsiini kaitse ei ole 100-protsendiline. Seetõttu ei tasu ka pärast täisvaktsineerituse saamist tormata viirusnakkust otsima kohtadesse, kus on oht suure doosiga nakkust saada, vaid ikka käituda mõistlikult. Suur doos viirust võib ajutiselt immuunsüsteemi kaitsest läbi tungida ja inimesele üksjagu ebameeldivusi tekitada või siis asümptomaatiliselt edasi kanduda. Kuigi organismil on vaktsineerimisest või läbipõdemisest kaitse, võib siiski suurearvulise vastase sissetungimise korral sellest väheks jääda.

Immuunsüsteem kaitseb meid paljude bakterite vastu, aga kui bakterilahust otse veeni süstida, siis on veremürgitus kerge tulema. Niipalju kui võimalik, vältige kohti, kus viirust võib olla palju, isegi siis, kui te olete vaktsineeritud. Kusjuures vähemalt esialgu ei ole oluline mitte paaniline ja absoluutne vältimine, vaid pigem riskide mõistlik minimeerimine. Kasvõi selle pärast, et on ameteid/kohti/olukordi kus, kontaktidest hoidumine ei ole võimalik.

Delta tüve omadused on teistsugused kui eelmisel sügisel ringelnud variantidel

Erinevatel tüvedel ei muutu ainult viiruse immunoloogilised omadused. Keskmine viiruse kogus, mida organism toodab, on ka kasvanud. Alfa ehk inglise tüvel on ninaneelu kaapest mõõdetud viiruse kogus erinevatel andmetel kolm kuni kümme korda kõrgem kui varasematel variantidel. Delta tüve korral on viirust omakorda pea suurusjärk rohkem kui alfa korral. Niisiis on võrreldes eelmise sügisega keskmise nakatunu korral väljutatava viiruse kogus 30 kuni 100 korda kõrgem.

Sellega halvad uudised veel ei lõppe – delta tüve korral on nakatamisvõimeliste viiruste osakaal suurem kui alfal. Teisisõnu, näiteks 100 000 viirusosakese või viirusgenoomi kohta tuleb rohkem nakatamisvõimelisi viiruseid. Seega võrreldes eelmise sügisega on keskmine aktiivse viiruse doos vähemalt 40–50 korda suurem. Võrreldes eelmise sügisega on meil sama nakatunute arvu juures oluliselt kergem viirusega kokku puutuda ning mis veelgi olulisem – saadav viirusdoos on suurem.

Olgu siinkohal veel üks asi ära õiendatud (vanemas eesti keeles on selle tähenduseks 'korda aetud'). Aegajalt lipsab mingil põhjusel läbi arve, mis hakkavad oma elu elama, kuid mida on üksjagu eksitavalt interpreteeritud. Ühe juhtumi puhul väidetakse, et delta tüve korral on viirust 1000 korda rohkem. Mingi nurga alt vaadates on see väide õige, aga selline olukord, kus delta tüve erinevus varasematest variantidest on nii suur, esineb vaid nakkuse varasel perioodil lühikest aega. Ühtlasi kehtis nii suur erinevus võrreldes algse Wuhani tüvega, mida nii Euroopas kui Eestis levis väga vähe.

Sellise suure erinevuse põhjus on see, et aeg, mis kulub nakkuse saamisest kuni uute nakatumisvõimeliste viiruste väljutamiseni, on deltal lühem kui teistel tüvedel. Ehk siis nii suurt erinevust mõõdeti nakkusprotsessis ajahetkel, kus delta oli juba hoogsalt paljunema hakanud, kuid teised variandid võtsid alles hoogu.

Delta tüvi on muidu ka kiirem toimetaja – kui varasemalt oli samas nakkusahelas kahe järjestikuse nakatumise vahe või sümptomite ilmnemise vahe keskmiselt umbes kuus päeva, siis deltal on see umbes neli päeva. Kahjuks tähendab see, et delta korral on presümptomaatiline nakatamine, mis oli varasematel variantidel juba paar päeva enne sümptomeid, veelgi tõenäosem kui teistel tüvedel/variantidel.

Tegemist on keskmistega, millest esineb märkimisväärsel hulgal kõrvalekaldeid mõlemale poole. Juba teisel päeval pärast nakkuse saamist (nakkuse päev on defineeritud null-päevaks) on uuringute andmetel kümnel protsendil nakatunutest PCR positiivne ehk nad on nakkusohtlikud.

Seega võib juhtuda, et enne kui patsient_0 oma positiivse testi kätte saab (päev-kaks pärast sümptomite ilmnemist), on tema poolt nakatatud patsient_1 juba jõudnud nakatada ka patsienti_2. Inimeste vaatlemisel saadud andmeid kinnitavad ka laborikatsed. Delta tüve paljunemine rakkudes ja mudelorganismides on kiirem kui alfa tüvel.

Siit ka soovitus lähikontaktsetele ja lähikontaktsete kontaktsetele – lisaks muudele kohustuslikele nõuetele viige oma füüsilised kontaktid miinimumi. Kui on vaja hädasti poodi minna, siis pange mask ette ja käige sel ajal, kui on kõige vähem rahvast.

Vaadates eelpool kirjeldatud delta tüve omadusi võib vaid ette kujutada, mis oleks juhtunud, kui meil oleks olnud suve lõpus ja septembri alguses vaid ~200 000 immuunkaitsega elanikku ( neist ~130 000 PCR testi põhjal + seireuuringu põhjal ilma diagnoosita läbipõdenud elanikud) nakkuse läbipõdemise järgselt ja mitte vähemalt ~830 000 nagu vaktsineerimisjärgselt (vaktsineeritud + läbipõdenud). Ei taha isegi ette kujutada, mis oleks juhtunud, kui vaktsineerituid ei oleks olnud.

Nakatumise näitajaid ning viiruse omadusi arvesse võttes näib, et viiruse nakkuslikus on nii hea, et limiteeriv etapp nakkuse tekkimise juures on limaskestast läbitungimine. See on küll kõigest hüpotees, kuid sellele vaatamata tasub oma hingamisteede limaskestad korras hoida, et sinna ei tekiks mikrokahjustusi näiteks liigse kuivamise läbi. Selle koha peal oleks vaja küll juba teiste asjatundjate kommentaare, kui ruumides olev õhuniiskus on siin kindlasti oluline komponent.

Kas minul kulgeb nakkus sarnaselt nakatunud naabriga?

SARS-CoV-2 erinevate omaduste arvuliste väärtuste tõlgendamise juures tuleb arvestada sellega, et iga omaduse varieeruvus persooniti on väga suur. Hea näide selle kohta on Postimehe töötajate antikehade tiitri määramine, mis ilmus 9. septembril. Kui võtta sealt ükskõik millise tunnuse alusel keskmine, siis kuivõrd see iseloomustab Postimehe töötajate keskmist kaitstust?

Märksa suuremamahulised uuringud näitavad sedasama – teadaolevate sarnaste tingimuste juures on vaktsineeritutel tekkiv antikeha kogus (teadlased kipuvad seda nimetama ka antikeha tiitriks) väga erinev ehk immuunsüsteemi vastus on väga heterogeenne.

Siinkohal ei saa jätta märkimata, et nii antikehade tiiter kui neutraliseerivate antikehade tiiter on läbipõdenutel veel varieeruvam kui vaktsineeritutel. SARS-CoV-2 korral on kirjeldatud väga suurt varieeruvust paljudes viiruste omadustes ning veel suuremat varieeruvust viiruse ja isendi koostoimes.

Seega varieeruvus ja muutlikkus SARS-CoV-2 korral ei väljendu vaid tema genoomi muutlikkuses, vaid esineb märksa laiemalt, alustades kasvõi sellest, et ogavalkude arv virioni pinnal on varieeruv (enamasti vahemikus 10 kuni 40 valku). Varieerub ka virioni läbimõõt. Samuti on väga erinev viiruskoormus ehk organismi toodetud ja levitatud viiruse kogus.

Isegi siis, kui kaaluda seda vanuserühmade ja nakatumise aja suhtes, ei ole pea miljonikordne erinevus haruldane. Ka nakatumisvõimeliste virionide suhe viirusosakeste arvu või viirusgenoomide arvu on eri patsientidel varieeruv ning nakatamisvõime erinevus võib olla sama viirusosakeste arvu korral 100 korda või enam.

Kuna inimeste immuunsüsteemid on "erineva ettevalmistusega" SARS-CoV-2 suhtes, siis kombinatsioon viiruse varieeruvatest omadustest ja inimesest annavad veel suurema varieeruvuse viirus-isend koostoimes. Sellest, mis juhtus mõne teie tuttavaga, on tulenevalt varieeruvusest väga ennatlik teha järeldusi selle kohta, mis juhtub teiega näiliselt sarnases olukorras. Suurel varieeruvusel on selge mõju ka uuritavate arvult keskmistele ja väikestele teadusuuringutele, sest sellistes oludes on juhuslikul kallutatusel suur roll. Seetõttu tasuks Eesti kohta saadavaid tulemusi alati võrrelda ka mujalt näidatuga.

Viirus on muutunud – kuidas lähiajal edasi?

Delta tüve omadused on selgelt teistsugused kui aastatagustel SARS-CoV-2 variantidel. Viirus on muutunud, seega tuleb ka meil käituda vastavalt. Meetmed (pean siin silmas neid, mida inimesed oma käitumises tegelikult rakendasid), mis toimisid ja suutsid hoida nakatumiskordajat R ühe lähedal 2020. aasta oktoobris või 2021. aasta jaanuaris "harilike tüvede" korral, ei pruugi olla tulenevalt delta tüve omadustest enam piisavad.

Nakatumiskordaja R sõltub nii inimeste käitumisest kui ka viiruse omadustest. Vaktsineerimine annab küll R-i ohjamisse oma väga olulise panuse, kuid igaüks meist saab seda ka ise teha oma käitumisega. Viiruse omadused võrreldes aastatagusega on märkimisväärselt muutunud, seega on vaja muuta meie endi käitumist, et viirust ohjata ja R võimalikult madal hoida.

Kui ühiskond soovib hoida koolid lahti, siis ainuke tee selleks on piirata nakkuse levikut teiste täiskasvanud pereliikmete kaudu, sest paljudes peredes on vanuselise struktuuri tõttu keeruline kui mitte võimatu peresisest nakkust ära hoida.

Olukorras, kus me oktoobri alguses oleme – nakatumise tase järjest tõuseb, R on umbkaudu 1,2 lähedal, esimesed haiglad on tõsised ennetavad meetmed kasutusele võtnud ning ähvardab plaanilise ravi katkestamise oht – tuleks kõigil neil, kes tahavad hoida koole lahti ja ühiskonda avatuna, mõelda selle peale, kas ka nemad saavad avatuse jätkumisele kaasa aidata. Selleks, et lapsed saaksid koolis käia, võiksid täiskasvanud järgida priitahtlikke piiranguid, mis aitavad nakkusahelaid katkestada.

Mida peaks oma priitahtlike piirangute ja käitumisotsuste langetamisel ennekõike arvestama:

a)      Minimeerige (ebavajalikud) anonüümsed kontaktid. Siis on võimalik sel juhul, kui te peaksite osutuma nakatunuks, kiiresti potentsiaalsed järgmised nakatunud üles leida ja nakkusahelad katkestada.

b)     Hoiduge nakkusohtlikest kohtadest (anonüümne seltskond, palju rahvast, kehv ventilatsioon ja nii edasi) seal, kus võimalik, seda sõltumata kontaktsusest ja vaktsineeritusest.

Kui olete lähikontaktne või lähikontaktse kontaktne või viibinud nakkusohtlikus kohas, siis tasuks eriti hoolega jälgida oma tervist ning vajadusel ja võimalusel teha kiirtest, sõltumata sümptomitest. Nimelt ka asümptomaatiline kandlus ei ole delta tüve korral kuhugi kadunud.

Tasub meenutada, et brittide UK Health Security Agency loeb meie mõistes lähikontaktseks ka neid, kes on olnud nakatunule lähemal kui üks meeter kauem kui üks minut. Esimene kiirtest oleks mõistlik teha umbes 72 tundi pärast nakkusohtlikku olukorda ja teine test umbes seitsme või kaheksa päeva pärast nakkusohtlikku olukorda. Selleks ajaks on ~95 protsendil neist, kes nakkuse saavad, PCR-test juba positiivne.

Kui mõlemad kiirtestid on negatiivsed, siis võite rahuliku südamega tavaellu naasta. Enne seda oleks mõistlik hoiduda ulatuslikest anonüümsetest kontaktidest ning võimalusel teha tööd kodukontoris ning rakendada muid meetmeid, et te õnnetul kombel teisi ei nakataks. Nagu elu meil ja mujal on näidanud, kui ühiskonnas on kaitsmata riskirühmad, siis mujal ühiskonnas levides jõuab viirus varem või hiljem ka riskirühmadesse.

Kui kohe muidu ei saa ja on vaja ööklubisse minna, siis ärge tehke seda igal nädalavahetusel, vaid üle nädalavahetuse. Kindlasti tasub enne ööklubisse minekut teha oma südametunnistuse rahustuseks usaldusväärne kiirtest. See ei ole üleskutse eraklusele – sotsiaalne suhtlus vabas õhus, kui järgitakse kahemeetrist distantsi (ja tuul puhub kahe vahelt läbi) peaks olema igati ohutu.

Koolilapsed ja nende pereliikmed peavad saama informeeritud koolilaste lähikontaktist nakatunuga, ikka selleks, et pereliikmed teaks õigel ajal kontakte vähendada.

Iga väikene ja mõistlik samm aitab meil hoida koole ja ühiskonda pikemalt avatuna, iga okas viiruse vastu loeb.