Maaülikooli teadlased järjestasid ahvena genoomi ({{commentsTotal}})

Ahven
Ahven Autor/allikas: Jarko Jaadla

Eesti Maaülikooli teadlased järjestasid koostöös Turu Ülikooli kolleegidega ahvena genoomi. Teadustöö tulemused võimaldavad teadlastel üle kogu maailma mõista paremini loodusliku valiku mõju.

Raplamaal asuvast tumedaveelisest Loosalu järvest püütud ahvenat (Perca fluviatilis) uurides selgus, et nende genoom on inimese omast ligikaudu kolm korda väiksem. Kokku sisaldab see umbes miljard nukleotiidi ja üle 23 000 geeni.

Kõige lihtsam on genoomi suurusest aimu saada siis, kui teisendada selle mõõdud inimesele selgesti mõistetavaks. "Kui kujutada ette, et ühe aluspaari pikkus on millimeeter, ulatuks ahvena genoom Tartust Berliini," märkis uuringut juhtinud kalateadlane, Rootsi Põllumajandusteaduste Ülikooli professor ja Maaülikooli vanemteadur Anti Vasemägi. Töörühma järgmine eesmärk on leida üles genoomi piirkonnad ehk kilomeetripostid Tartu-Berliini teel, mis kannavad endas loodusliku valiku jälgi.

Vasemäe sõnul kujutab järjestatud genoom olulist verstaposti nii Eesti kui ka rahvusvahelises kontekstis. "Võrreldes varem uuritud kalaliikidega on meie poolt järjestatud ahvena genoom kõrge kvaliteediga, kuna kasutasime uudset metoodikat, mis põhineb pikkade DNA molekulide eraldi märgistamisel ning lühikeste järjestuste määramisel," kirjeldas Vasemägi.

Ahvena olulisus
Ahven on väga laialt levinud kalaliik nii Eestis kui ka kogu Euraasias. Liigi levila ulatub Briti saartelt Venemaa Kaug-Idani. Kalaon võimeline elama ja edukalt paljunema äärmuslikes keskkonnatingimustes. Seetõttu võib ahvenat leida nii vähetoitelistest ja selgeveelistest järvedest, riimveelisest Läänemerest kui ka happelistest ja tumedaveelistest rabajärvedest, kus teised kalaliigid ellu jääda ei suuda. Samas ei ole siiani teada, millised geneetilised mehhanismid on aidanud ahvenal kohastuda niivõrd erinevate elutingimustega.

Liik on tähtis lüli ka veekogude toiduahelas. Hiljuti avastati, et triibulisel uimekandjal on oluline mõju järvede metaaniringele. Nimelt võib ahven toiduahela muutuste kaudu vähendada metaani eritumist järve ligi kümme korda. Kuna metaan on süsihappegaasist märksa suurema mõjuga kasvuhoonegaas, on ahvenal täita ka oma roll kliima soojenemise vähendamisel.

"Just seepärast on eriti oluline mõista ahvena geneetiliste kohastumiste mehhanisme (humiinainete rikastes) hapnikuvaestes rabajärvedes, kus metaani eritumine on suurim ning ahven on sageli ainus kalaliik," selgitas Vasemägi.

Lisaks on ahven oluline kalapüügiobjekt harrastajatele ja kutselistele kaluritele. Näiteks on kala hõrgu maitse tõttu alustatud selle kasvatamist ka mitmel pool Euroopas. "Ahvena genoomi järjestamine võimaldab teadlastel kiiremini kaardistada just need genoomi piirkonnad, mis mõjutavad kala kasvukiirust, suguküpsuse saabumise aega, haigusresistentsust ja teisi vesiviljeluses olulisi tunnuseid," selgitas uuringus osalenud Maaülikooli vesiviljeluse õppetooli juht ja professor Riho Gross.

Ahvena genoomi järjestamine lihtsustab sarnaste uuringute läbiviimist Põhja-Ameerikas, kus on laialt levinud meie ahvena lähisugulane, kollane ahven (Perca flavescens). Ahvena genoomi järjestamine kujutab endast ainult esimest sammu mõistmaks, millised evolutsioonilised mehhanismid on ahvenast teinud ühe kõige edukama ja laialt levinud kalaliigi Euraasia parasvöötmes, lisas Vasemägi.

Uurimus ilmus ajakirjas "G3: Genes, Genomes, Genetics".

Toimetaja: Jaan-Juhan Oidermaa



ERR kasutab oma veebilehtedel http küpsiseid. Kasutame küpsiseid, et meelde jätta kasutajate eelistused meie sisu lehitsemisel ning kohandada ERRi veebilehti kasutaja huvidele vastavaks. Kolmandad osapooled, nagu sotsiaalmeedia veebilehed, võivad samuti lisada küpsiseid kasutaja brauserisse, kui meie lehtedele on manustatud sisu otse sotsiaalmeediast. Kui jätkate ilma oma lehitsemise seadeid muutmata, tähendab see, et nõustute kõikide ERRi internetilehekülgede küpsiste seadetega.
Hea lugeja, näeme et kasutate vanemat brauseri versiooni või vähelevinud brauserit.

Parema ja terviklikuma kasutajakogemuse tagamiseks soovitame alla laadida uusim versioon mõnest meie toetatud brauserist: