Pool New Yorgi metroost kogutud DNAst osutus tuvastamatuks ({{commentsTotal}})

Autor/allikas: b_g/Creative Commons

New Yorgi metroost pooleteist aasta vältel kogutud DNA proove analüüsinud teadlased pidid nentima, et enam kui pool pärilikkusainest ei vastanud ühelegi kirjeldatud pärilikkusainega eluvormile. Muu hulgas jäi sõelale näiteks, himaalaja jaki, kukkurkurati ja seni vaid Antarktikast leitud mikroobi geneetiline materjal.

Cornelli ülikooli teadlase Christopher Masoni töörühm suutis PathoMapi projekti raames koguda 466 metroojaamast 18 kuu vältel enam kui kümme miljardit DNA fragmenti. Tohutu andmehulk söödeti ette superarvutile, mis võrdles neid kirjeldatud genotüübiga viiruste, bakterite ja silmale paremini nähtavate eluvormidega. Samuti analüüsiti tundmatut geneetilist materjali ja klassifitseeriti see DNA järjestuste unikaalsust arvesse võttes eraldi liikide alla.

Kokku suutis Mason ja tema kolleegid tuvastada 15 152 erinevat eluvormi. Neist peaaegu pooled sai liigitada bakterite alla. Nii pole ime, et neist valdava enamiku pärilikkusainet pole seni järjestatud, misläbi puudub ka võrdlusmoment. Näiteks võisid teadlased leida mõne juustu valmistamiseks kasutatava bakteri kodustamata lähisugulase. Kui aga selle pärilikkusaine on kodustatud juustubakteri omast piisavalt erinev, jääbki kodustamata lähisugulane tuvastamatuks liigiks.

Tuntud bakteritest leiti aga teiste seas vastavalt siberi katku ja muhkkatku põhjustavad patogeenid. Samas leidus neid siiski liiga vähe, et nakatada terve immuunsüsteemiga inimesi. Kokku tuvastati 56 inimestel haigusi põhjustavat bakteriliiki. Näiteks leiti toidumürgituse taga olevaid baktereid pooltes jaamades. Haruldaseks peetud tavapäraste antibiootikumide suhtes resistentset mikroobi Stenotrophomonas maltophilia võis kohata 409s metroojaamas.

Silma jäi ka teisigi ravimresistentseid liike, kokkuvõtlikult ilmutas standardsete antibiootikumide suhtes vastupanuvõimet 28 protsenti laboris kasvatatud bakterikultuuridest. Eksootilisematest liikidest leiti näiteks bakter, mida oli seni nähtud vaid Antarktikast kogutud proovis. Teised bakterid olid võimelised trotsima arseeni, radioaktiivsust ning õlireostust.

Kõrgematest olenditest võis kõige sagedamini kohata kärbestelt ja mardikatelt pärinevat pärilikkusainet. Inimesed paigutusid alles neljandale kohale. Kolmanda koha hõivas kurk, ent koht võis olla tingitud liikide klassifitseerimiseks kasutatud algoritmi iseärasustest – teiste taimede osalised pärilikkusaine fragmendid omistati lähimale tuntud liigile. Miljonilinnas legendaarseks saanud prussakad jäid tuntud liikide nimistust välja – nende genoomi pole veel täies ulatuses järjestatud.

Töörühm rõhutab, et sõelale jäänud haigustekitajatele kuuluv pärilikkusaine ei anna põhjust muret tunda. Patogeene leidus võrreldes ohutumate bakteritega suhteliselt vähe, misläbi suudaks nendega toime tulla isegi suhteliselt nõrk immuunsüsteem.

Uurimus ilmus ajakirjas Cell Systems.

Toimetaja: Jaan-Juhan Oidermaa

Allikas: Cell Systems



Hea lugeja, näeme et kasutate vanemat brauseri versiooni või vähelevinud brauserit.

Parema ja terviklikuma kasutajakogemuse tagamiseks soovitame alla laadida uusim versioon mõnest meie toetatud brauserist: