Eesti Teadusagentuuri juhatuse esimehe Anu Noorma sõnul on saanud seaduseelnõusse vahetult enne selle riigikogusse saatmist kirja punktid, mida pole jõutud osapooltega läbi arutada. Muu hulgas haaravad need põhimõttelist muutust Eesti teaduse baasinstrumendi, uurimistoetuste rahastamisel. Kui seni on nende taotlemise tingimuste, hindamise, määramise ja tagasinõudmise eest vastutanud teadusagentuur ja selle hindamisnõukogu, siis nüüd hakkaks neid kontrollima ja kinnitama ministeerium.

"Ma tõesti näen, et see on samm, mis kaugendab meid akadeemiliselt vabast ühiskonnast, poliitiliselt sõltumatust teadusuuringute menetlemise protsessist. [...] Sellega me liigume vastuvoolu teiste Euroopa riikidega, kus nähakse akadeemilises vabaduses ja selle protsessi menetlemise iseseisvuses omaette väärtust," leidis Noorma.

Seaduseelnõu kooskõlastusringil toodi muudatuse põhjendusena välja justiitsministeeriumi hinnang, mille järgi oli esialgu kavandatud regulatsioon vastuolus põhiseadusega. Täpsemalt peaks olema avaliku raha jaotamine ja põhiõiguste piiramine reguleeritud määrusega, "mistõttu ei saa vastavaid tingimusi ja korda kehtestada eraõiguslik sihtasutus".

Haridus- ja teadusministeeriumi teadus- ja arendustegevuse asekantsler Renno Veinthal selgitas, et õigusasjatundjate arusaam ja käsitlus põhiseaduspärasusest on aastatega muutunud. "Praegune käsitlus on, et riigi raha kasutamise tingimusi ei või seada eraühing või sihtasutus. Põhiseadusest tulenevalt on põhiõigustele piirangute kehtestamine riigikogu pädevuses. Nii olulist asja tuleb reguleerida seadusega," leidis asekantsler.

Samuti on rahandusministeerium asekantseleri sõnul leidnud, et uurimistoetuste väljaandmise tingimuste kehtestamine sihtasutuse poolt pole kooskõlas riigieelarve baasseadusega. 

Samas rõhutas Veinthal, et ministeerium ei proovi sellega tungida teadusagentuuri pärusmaale ja mängureeglid muudatusest ei muutu. "Võin käsi südamel kinnitada, et ka selle asjade korralduse juures, kus ministri määruse tasemel kehtestatakse üldised tingimused, on hindamisnõukogu pädevuses täpsustada kõike, mis puudutab teadusgrantide hindamist, ja see austab kõigiti akadeemilist vabadust," sõnas asekantsler.

Noorma muret muudatuse mõjust teaduse vabadusele ja autonoomiale jagas aga ka Tartu Ülikooli teadusprorektor Mari Moora. "See on puhtalt riiklik sekkumine. Kuni on mõistlikud valitsused, on see mõistlikult kokkulepitav, aga elu näitab, et aeg-ajalt tuleb igasuguseid asju ette," leidis Moora.

Ülikooli vaatenurgast teeb tema sõnul ettevaatlikuks planeeritud muutus baastoetuste jagamist puudutavate paragrahvide sõnastuses. Moora tõi välja, et Tartu Ülikooli teaduseelarvest moodustab 80 protsenti sihtotstarbeline raha, mh konkurentsipõhise rahastuse projektid, riiklikud sihttoetused riiklikult tähtsate strateegiate arendamiseks ja eri teenuslepingud.

"See 20 protsenti Tartu Ülikooli teaduseelarvest on ainuke selline vahend, kus oleme saanud ise toimetada. Ka selle seni ainsa instrumendi puhul, mida praegu nimetatakse teaduse baasfinantseeringuks, on sisse kirjutatud säte, et ministeerium võib ette kirjutada prioriteedid, mis selle rahaga teha tuleb," selgitas teadusprorektor.

Sarnaselt leidis kooskõlastusringil rektorite nõukogu, et senine baasfinantseerimise instrument muudetakse bürokraatlikumaks. Samuti "kaotatakse teaduses ainus riskide maandamist, vaba teadust ja ülikoolide autonoomiat toetav rahastusmeede". Vastusena asendati seaduseelnõu uues variandis sõna "kohustused" sõnaga "tingimused", väljendamaks, et muudatuse eesmärk pole panna ülikoolidel uusi täiendavaid kohustusi.

Samuti märgitakse, et põhiseaduse järgi on ülikoolid ja teadusasutused autonoomsed seaduses ettenähtud piirides. Teisisõnu peavad olema need kaitstud riigi liigse sekkumise eest, kuid riigil on õigus määrata rahastamisprioriteete ning kindlustada teadus- ja arendustegevuse olemasolu majanduse jt valdkondade seisukohalt olulistes valdkondades.

Kultuuriministeerium pole eelnõule veel kooskõlastust andnud, sest muret teeb muuseumide ja rahvusraamatukogu rahastus. "Need asutused jäid siis teadus- ja arendusasutuse uuest definitsiooni alt välja. Uue definitsiooni alla kuuluvad siis ainult evalveeritud asutused, aga kõikidel muuseumitel, kellel on teadustöö kohustus, ei ole kindlasti vajalike ega ka mõistlik evalveerimist läbida," selgitas ministeeriumi teadus- ja arendusnõunik Viivian Jõemets.

"Sellega seoses jäi nagu määratlemata selliste asutuste puhul, et kuidas nende teadustegevust edaspidi üldse tohib rahastada ja millised instrumendid selleks ette nähtud on," lisas Jõemets.

Renno Veinthal lootis, et eelnõuga saab planeeritud tempos edasi liikuda. "Ma ise loodan, et 24.oktoobril saab valitsus seda eelnõud arutada ja sõltuvalt nüüd arutelu tulemusest, siis liigub eelnõu edasi riigikokku. Lõppeesmärk on, et juhul kui eelnõu heaks kiidetakse, siis seadus saaks jõustuda 1. septembril 2025, aga kindlasti seisavad ees veel huvitavad arutelud riigikogus ja riigikogu kultuurikomisjonis, kus ka need siis viimased lahkarvamused on võimalik selgeks vaielda," sõnas Veinthal.