Eesti teadlased tutvustavad Science'is andmebaasi, mis annab seentele digitaalse “isikukoodi" ({{commentsTotal}})

Lao metsades algas seenehooaeg kaks nädalat tagasi. Ka nendel liudadel müüdavate seente hulgas on tõenäoliselt mõni teadusele kirjeldamata liik. Tartu teadlaste loodud digitaalsete identifikaatorite süsteem võimaldab neist ka ilma teaduslike nimedeta kirj
Lao metsades algas seenehooaeg kaks nädalat tagasi. Ka nendel liudadel müüdavate seente hulgas on tõenäoliselt mõni teadusele kirjeldamata liik. Tartu teadlaste loodud digitaalsete identifikaatorite süsteem võimaldab neist ka ilma teaduslike nimedeta kirj Autor/allikas: Urmas Kõljalg

Viimases teadusajakirja Science numbris ilmus akadeemik Urmas Kõljala juhtimisel artikkel, mis selgitab Tartu ülikoolis loodud seeneliikide andmebaasi olulisust ning DNA põhjal määratud liikide samastamise võimalusi.

Artikkel ilmus vastusena professor David Hibbetti artiklile "Seeneliikide mitmekesisuse nähtamatu dimensioon” ("The invisible dimension of fungal diversity”). USA seeneteadlane Hibbett oli seisukohal, et suure osa seeneliikide eristamine ja kajastamine teadustöödes on võimatu, kuna rahvusvaheline koodeks ei luba keskkonnast eraldatud DNA põhjal uusi liike kirjeldada. Eesti teadlaste samal andmestikul põhinev analüüs näitab aga, et DNA-põhised seeneliigid on Tartu ülikoolis loodud andmebaasi UNITE abil juba aastaid samastatavad.

"Klassikaliselt määratakse liike morfoloogiliste ja anatoomiliste tunnuste põhjal – ka trükitud liigimäärajates on ju pildid ja kirjeldavad tekstid. Seeneliikide DNAd leidub aga ka mullast, lehtedelt või õhust võetud proovides ehk olukorras, kus meil seent ennast pole ja me seda silma järgi ära tunda ei saa,” selgitab Urmas Kõljalg probleemi olemust. "Küll aga saab siis DNA järjestuse põhjal liigid välja arvutada ja määrata."

Eestlaste artiklis näidataksegi, et DNA-põhiselt määratavatele seeneliikidele saab teadustöödes viidata juba enne nende teaduslikku, koodeksil põhinevat kirjeldamist. Seda saab teha tänu andmebaasis UNITE seeneliikidele antud DOI koodile (Digital Object Identifier). Koodi abil on kõik viited omavahel automaatselt seotud ning andmebaasidele loetavad.

“Isegi kui liiginimi tuleb alles kümne aasta pärast, siis on koodi abil võimalik näiteks tagasi minna ja näha, kus see liik esmakordselt kirjeldati ja kes selle leidis,” ütleb Urmas Kõljalg.

Enam kui pool miljonit välja antud DOI koodi on seeneliikide identifikaatoritena juba mitu aastat kasutusel maailma juhtivates geenijärjestuste analüüsi platvormides. UNITE seeneliikide koode kasutab ka maailma mõjukaim geenipank NCBI. UNITE süsteem kasutab elusorganismide liikide eristamise uut paradigmat, mida akadeemik Urmas Kõljalg ja kolleegid kirjeldasid esmakordselt 2013. aastal.

DNA-põhiste seeneliikide globaalne andmebaas UNITE koondab infot kõikide seeneliikide kohta, mille geenijärjestus on teada, sinna teevad kaastööd sajad teadlased kogu maailmast. Andmebaasi juhtroll tuleneb võimalustest, mida pakub elurikkuse pilvetaristu PlutoF. Viimane võimaldab väga keerukate andmebaaside loomist, sh DOI koodide abil. PlutoF infosüsteemi arendamist toetab Eesti teaduse taristu teekaardi projekt NATARC ja see on tasuta kasutamiseks kõikidele teadlastele.

Ajakirjas Science ilmunud artikli autorid on Urmas Kõljalg, Leho Tedersoo ja Kessy Abarenkov Tartu ülikoolist ning Henrik Nilsson Göteborgi ülikoolist.



ERR kasutab oma veebilehtedel http küpsiseid. Kasutame küpsiseid, et meelde jätta kasutajate eelistused meie sisu lehitsemisel ning kohandada ERRi veebilehti kasutaja huvidele vastavaks. Kolmandad osapooled, nagu sotsiaalmeedia veebilehed, võivad samuti lisada küpsiseid kasutaja brauserisse, kui meie lehtedele on manustatud sisu otse sotsiaalmeediast. Kui jätkate ilma oma lehitsemise seadeid muutmata, tähendab see, et nõustute kõikide ERRi internetilehekülgede küpsiste seadetega.
Hea lugeja, näeme et kasutate vanemat brauseri versiooni või vähelevinud brauserit.

Parema ja terviklikuma kasutajakogemuse tagamiseks soovitame alla laadida uusim versioon mõnest meie toetatud brauserist: