Bioloogiliste interaktsioonide ökoloogia töörühma peamine eesmärk on tuvastada mullas elavate seente ja teiste mikroorganismide omavahelisi suhteid ja nende kooslusi mõjutavaid muutujaid üle maailma. Üks olulisemaid uurimisteemasid on mullaorganismide biogeograafia alates millimeetri-skaalast kuni maastiku ja globaalse tasemeni.
Mullaorganismid määrame molekulaarsete meetoditega otse kuivatatud või külmutatud mullast.

Globaalsete mullaorganismide uuringuteks oleme välja töötanud kogu maailmas rakendatava metoodika alates standardsest prooviala suurusest ja proovide arvust kuni DNA analüüsis kasutatavate praimerite ja molekulaarsete määrajateni.

Mullu ajakirjas Science avaldatud artiklis näitasime esmakordselt, et seente elurikkus tipneb troopilistes kooslustes ja see pole otseselt seotud taimede liigirikkusega, mis oli seente elurikkuse globaalsete hinnangute aluseks. Tänavuses Science’i artiklis aga tõime esile, et mikroobikoosluste uuringute tulemused sõltuvad paljuski molekulaarsete määramismeetodite valikust, kusjuures metoodika mõju võib olla kordades tugevam keskkonna mõjust.

Edasised uuringud keskenduvad mikroorganismide genoomide ja funktsionaalsete parameetrite kaasamisele biogeograafias.